Roedd rhagor o lwyddiant i'r Cymry wrth i Rhys Williams orffen y ras yn eithriadol o gryf i gipio'r fedal efydd, ac yna enillodd Christian Malcolm efydd yn y 200m.
Er i Greene arwain o'r gwn gyntaf, llwyddodd Loius Van Zyl o Dde Affrica - y pencampwr yn 2006 - i gadw yn y ei gysgod bob cam o'r ffordd, gan sicrhau diweddglo dramatig.
Ond roedd gan Greene digon ar 么l yn ei goesau i dynnu'n glir dros y pum metr olaf i orffen mewn amser o 48.52 eiliad.
Dyma oedd medal aur cyntaf Cymru yn yr athletau yn y Gemau ers buddugoliaeth Iwan Thomas dros 400m yn 1998, a'r degfed aur yn yr athletau yn holl hanes y Gemau.
Roedd y fuddugoliaeth yn ddiweddglo perffaith i dymor hynod llwyddiannus i Greene ac yntau wedi cipio'r aur ym Mhencampwriaethau Ewrop ym mis Gorffennaf.
"Ro'n i'n gwybod bod angen cadw golwg ar Van Zyl, ond ro'n i'n hyderus bod gen i g锚r arall ar gael pan roedd angen, a dyna beth wnes i yn y diwedd," meddai'r athletwr 24 mlwydd oed o Lanelli.
"'Dw i wrth fy modd, faswn i ddim yn gallu gofyn am dymor gwell ac mae hi'n argoeli'n dda am flwyddyn nesaf."
Penderfynodd Williams i gychwyn y ras yn eithaf araf, gan adael ei hun yn y bumed safle wrth ddod o gwmpas y troad olaf.
Llwyddodd i gyflym pan oedd angen i godi i'r trydydd safle, ond roedd y bwlch yn rhy fawr i gyrraedd y ddau ar y blaen.
"'Dw i'n siomedig oherwydd nes i adael gormod o waith i fi fy hun yn y diwedd, ond ar y llaw arall, 'dw i wedi llwyddo i ennill medal arall," meddai Williams, oedd yn ail i Greene ym Mhencampwriaethau Ewrop.
Roedd Malcolm yn yr ail safle wrth agosau at y llinell derfyn yn y 200m, ond llithroidd yn 么l i'r trydydd safle pan gorffennodd Lansford Spence yn gyflym.
Aeth yr aur i Leon Baptiste o Loegr mewn amser o 20.45 eiliad.
Ychydig cyn hynny, gorffennodd Gaerth Warburton yn bedwerydd yn rownd derfynol y ras 800m. Boaz Lalang enillodd, gyda dau arall o Kenya, Richard Kiplagat a Abraham Kiplagat yn ail a thrydydd.